V důsledku válečné situace došlo na začátku roku 1945 k zastavení transportů z Malé pevnosti do jiných represivních zařízení, což způsobilo přeplnění cel a následné zhoršení životních podmínek vězňů. Složité poměry v Malé pevnosti v posledních týdnech války zkomplikovala epidemie skvrnitého a břišního tyfu, která vedla k výraznému zvýšení celkové úmrtnosti. Podobná situace nastala také v nedalekém židovském ghettu, kam přijížděly po 20. dubnu 1945 evakuační transporty s vězni nakažených tyfem.

Zdravotní poměry v Malé pevnosti podnítily Českou národní radu v Praze, vrcholný orgán české rezistence, k vyhlášení záchranné akce na pomoc Terezínu. Její koordinace byla svěřena pražskému epidemiologovi Karlu Raškovi. Zahájena byla ve dnech 2. a 3. května 1945 za podpory zástupce Mezinárodního výboru Červeného kříže Paula Dunanta, působícího tehdy již v terezínském ghettu. Počátkem května bylo v terezínské věznici na 5 500 vězňů, z nichž kolem 3 000 mužů živořilo v přeplněných a zavšivených celách IV. dvora, který byl nejvíce postižen výskytem nebezpečných infekčních onemocnění. V jeho velkých celách se nacházely stovky nemocných vězňů, z nichž nakonec tyfové epidemii mnoho podlehlo.

( Terezínské ghetto se proměnilo v jednu velkou nemocnici )

Od 4. května 1945 se v Praze i v okolí Terezína rozběhly přípravné práce na zajištění pomocné akce. První část lékařského a zdravotnického personálu České pomocné akce ( ČPA ) dorazila do Terezína 5. května. Přijelo také 50 ošetřovatelek, mezi nimiž byly žákyně zdravotnické školy z Prahy – Bulovky, které zde 30. května 1945 složily závěrečné zkoušky. Do záchrany vězňů se zapojil rovněž zdravotnický tým z nedaleké Roudnice nad Labem a mnoho dalších dobrovolníků.

Po vypuknutí Pražského povstání 5. května 1945 opustil německý personál věznice a příslušníci strážní jednotky SS Terezín. Vězni spolu se zástupci České pomocné akce převzali kontrolu nad Malou pevností a začali v uvolněných objektech zřizovat provizorní lazarety. Personál ČPA prováděl dezinfekci, odvšivování, koupání a prohlídky vězňů. Výstražné tabule a černý a žlutý prapor, vlající nad pevností, varovaly okolní české obyvatelstvo před nebezpečím infekce. Likvidace věznice v Malé pevnosti probíhala převáděním nemocných do pomocných lazaretů zřizovaných osvobozenými židovskými vězni v bývalém terezínském ghettu. Významná byla též pomoc občanů a organizací z širokého okolí v podobě léků, potravin a oblečení. Ještě po 5. květnu 1945 našli v Malé pevnosti útočiště vězni z evakuačních transportů, které zde ukončily svou strastiplnou pouť. Tisíce dalších přijížděly do terezínského židovského ghetta.

( Rudá armáda osvobozuje 8. května 1945 Terezín )

V podvečer 8. května 1945 projela Terezínem ve směru na Prahu vojska 1. ukrajinského frontu Rudé armády. Ve dech 11. – 13. května pak přijelo 53 sovětských vojenských lékařů a početný zdravotnický personál s potřebným vybavením, včetně několika polních vojenských nemocnic, odvšivovacích stanic apod. Převážná část sovětského personálu působila v Terezíně až do 9. července 1945. 14. května 1945 byla vyhlášena přísná patnáctidenní karanténa a celý Terezín se stal obrovskou infekční nemocnicí. Až koncem května se podařilo smrtící tyfovou epidemii zdolat.

Významná přitom byla také činnost židovských lékařů a ošetřovatelů, bývalých vězňů ghetta, pracujících v pomocných nemocnicích, kam se postupně přemisťovali nemocní z Malé pevnosti. Ve své obětavé práci pokračovali i příslušníci České pomocné akce. Po skončení karantény započala postupná repatriace bývalých vězňů, která se týkala více než 30 000 osob a trvala do poloviny srpna 1945. Bývalí vězni se postupně rozjeli do třiceti zemí světa. Za úspěch této záchranné akce zaplatily svými životy desítky českých, židovských a sovětských lékařů a zdravotníků.