Zdravotní a hygienická péče se v terezínské věznici uplatňovala ve velmi omezené míře. Ani policejní lékař, který navštěvoval Malou pevnost 2 x týdně, nedokázal odporovat jejímu velení. V této funkci působil nejdéle německý lékař Benno Krönert z Litoměřic. Jeho pravomoci však byly velitelem Jöckelem silně omezeny a léčba nemocných probíhala většinou jen ambulantně. Vězeňská ošetřovna se nacházela mezi celami č. 4 a 5 v I. dvoře.

O to větší význam měla zdravotní péče, kterou zabezpečovali lékaři z řad vězňů. Jejich odvaha a obětavost přispěly již v roce 1940 ke zřízení marodky, i když zpočátku o pouhých 8 lůžkách. Lékaři zde mohli spoluvězňům poskytnout základní ošetření, ovšem s tím omezením, že jim chyběly běžné léky a vybavení. Lékařská péče se zlepšila až v roce 1943, kdy byla ošetřovna vybavena přístroji a nástroji ze zabavené ordinace židovského lékaře. Významnou úlohu sehrálo také působení skupiny vězněných poděbradských lékařů Vojtěcha Sailera, Václava Kryšpína a Ladislava Filipa, kterým se podařilo podstatně rozšířit počet lůžek pro nemocné. V březnu 1944 jich měla marodka již 74.

( Na jaře 1945 bylo několik cel IV. dvora přeměněno na hromadné marodky )

Zpočátku se zdravotní péče poskytovala jen v prostorách I. dvora. Od léta 1942 se pomalu zaplňoval také ženský dvůr, kde zpočátku nemocné ženy ošetřoval lékař z mužské marodky. Teprve s příchodem prvních zatčených lékařek byla i v ženském dvoře zřízena ošetřovna s marodkou. Rozšiřování věznice vedlo postupně k vytváření dalších míst pro poskytování zdravotní péče. Časem vznikly další ošetřovny v prostorách dílenského dvora a v bloku samotek IV. dvora, ve kterých působila řada českých lékařů, např. František Nejezchleba, Karel Šrámek, Jaroslav Vápeník, Josef Souhrada, Přemysl Poňka a polský lékař Wlodzimierz Oroński. V roce 1945 byly vzhledem k výskytu infekčních chorob pro nemocné vyčleněny dokonce i některé hromadné cely ( č. 35, 41, 45 ) IV. dvora.

I přes nedostatek zdravotního vybavení provedli věznění lékaři v primitivních podmínkách řadu náročných zákroků na záchranu spoluvězňů. K těm nejpozoruhodnějším patřila např. operace slepého střeva, amputace nohy, či transfúze krve. Menší zákroky prováděli lékaři přímo v celách. Je však nutné zdůraznit, že i tuto skromnou zdravotní péči velení věznice odpíralo židovským a sovětským vězňům, kteří tak zůstali odkázáni jen na pomoc českých spoluvězňů. Ubytování ve velkých a přeplněných celách s množstvím parazitů, nedostačující hygiena, špatná strana a mnohdy vysilující práce oslabovaly fyzickou i psychickou kondici vězňů a vedly ke zhoršování jejich zdravotního stavu. Důsledkem byl stoupající počet onemocnění a úmrtí. Epidemie úplavice přinutila na podzim roku 1944 velení věznice zřídit v objektu za I. dvorem vězeňskou nemocnici. Ale i toto opatření nemohlo nahradit skutečnou lékařskou péči. Zákonitě proto s celkovým zhoršováním vězeňských poměrů stoupaly výrazně rozdíly mezi přirozenou a zaviněnou či násilnou smrtí.