Už v průběhu 2. světové války se spojenecké mocnosti dohodly, že postaví válečné zločince před mezinárodní soud, případně je předají k potrestání těm státům, v nichž zločiny spáchali. Součástí odhalování zločinů nacismu bylo i vyčíslení jeho obětí. Bilance nacistické perzekuce v českých zemí je tragická. Pro miliony Čechů znamenala německá okupace ztrátu svobody a pro desetitisíce z nich smrt. Nejvíce obětí, nejméně 73 000, jde na účet vyhlazování Židů v rámci tzv. Konečného řešení židovské otázky. Oběťmi rasové perzekuce se stalo také asi 6 000 Romů.

Tisíce dalších osob přišly o život v nacistických žalářích a koncentračních táborech, kam byly po zatčení zavlečeny. Další byly zavražděny v důsledku odvetných akcí proti domácímu odboji a partyzánskému hnutí a padly v ozbrojených střetnutích, zejména v průběhu Pražského povstání v květnu 1945. Do celkové bilance patří i 2 600 mužů a žen umučených v policejní věznici pražského gestapa v Malé pevnosti Terezín, která sehrála důležitou roli v nacistickém represivním systému. Dále je možno doložit úmrtí 1 685 mužů a 262 žen po jejich deportaci z Malé pevnosti do koncentračních táborů. Nejméně 255 mužů a žen pak zemřelo po přemístění do dalších věznic a káznic. Z těch, kteří byli z Malé pevnosti odesláni k soudnímu řízení, bylo popraveno 453 mužů a 13 žen. Skutečný počet obětí je však nepochybně mnohem vyšší.

( Velitel Malé pevnosti SS - Hauptsturmführer Heinrich Jöckel je odváděn na popravu )

Konference čtyř velmocí v Londýně rozhodla 8. srpna 1945 o zřízení Mezinárodního tribunálu pro souzení válečných zločinů. Proces s 21 hlavními německými válečnými zločinci probíhal v Norimberku od 14. listopadu do 1. října 1945. Československou žalobu při tomto procesu zastupoval generál Bohuslav Ečer, jenž se zasloužil o vydání mnohých válečných zločinců československé justici. Pro souzení válečných zločinců a jejich pomahačů byly v Československu ustaveny mimořádné lidové soudy, které vynesly ve třech poválečných letech stovky rozsudků smrti.

Potrestání neunikli také mnozí pachatelé z řad příslušníků SS a jejich pomahačů, zvláště některých kápů z policejní věznice gestapa v Malé terezínské pevnosti. Na základě rozsudků Mimořádného lidového soudu v Litoměřicích byli popraveni velitel věznice Heinrich Jöckel a jeho zástupce Wilhelm Schmidt. K trestu smrti byli odsouzeni také dozorci Rudolf Burian, Albert Neubauer a jeden z velitelů popravčí čety Josef Lewinski. Dozorce Thomas Soukup spáchal ve vyšetřovací vazbě sebevraždu, stejně jako Albin Storch ve vazbě v Dortmundu v roce 1972. Další zločinec, velitel I. vězeňského dvora Stefan Rojko, byl odsouzen rakouským soudem v roce 1963 na doživotí. Kurta Wachholze odsoudili v roce 1968 v bývalé NDR k trestu smrti. V nepřítomnosti byli odsouzeni také dozorci Anthon Malloth a Herbert Mende, kteří však trestu unikli. Malloth žil dlouhá léta nepotrestán v Rakousku, Itálii a Německu. Teprve v roce 2001 byl za zločiny spáchané v Malé pevnosti odsouzen mnichovským soudem na doživotí. Zemřel 31. října 2002. Naproti tomu soud zprostil obvinění Theodora Hohause, který uvězněným pomáhal.

Po skončení války se Terezín stal poutním místem. V předpolí Malé pevnosti vznikl Národní hřbitov. Stalo se tak při příležitosti ministra zahraničí Jana Masaryka a zástupců bývalých vězňů. Během pietního shromáždění byly pohřbeny oběti exhumované z hromadných hrobů v Malé pevnosti. Byl tak vytvořen první úsek Národního hřbitova, postupně rozšiřovaného v následujících letech. Byl zde uložen popel obětí poslední popravy vykonané v Malé pevnosti 2. května 1945. V roce 1946 se pak uskutečnilo uložení ostatků dalších zemřelých v Lovosicích a Litoměřicích. Spočinuly zde rovněž oběti tyfové epidemie z terezínského ghetta i oběti z koncentračního tábora v Litoměřicích.