Naujocks se narodil v roce 1911. Studoval strojírenství na univerzitě v Kielu, více než studiem však trávil svůj čas po hospodách. V roce 1931 vstoupil do SS, v roce 1934 se stal zaměstnancem úřadu Amt VI RSHA, bezpečnostního úřadu SS. Patřil k nejlepším velitelům SD. Je skutečností, že nebyl tak inteligentní, aby dokázal vymýšlet intriky jako například Heydrich. Jakmile však dostal jasný úkol, dokázal ho bravurně splnit. Naujocks patřil k věrným podřízeným Reinharda Heydricha, zúčastnil se řady utajených významných operací. Pomohl Heydrichovi s kompromitací Tuchačevského a na Slovensku zosnoval několik pumových atentátů, z nichž byli obviněni slovenští nacionalisté. Heydrich jej dále pověřil uskutečněním předstíraného útoku na rozhlasový vysílač v Glivicích 10. srpna 1939, který Německu poskytl záminku k vpádu do Polska. Podílel se také na incidentu ve Venlo v Nizozemí, při němž byli uneseni dva britští zpravodajští důstojníci. Ti měli být obviněni z přípravy pumového atentátu v Mnichově. Incident ve Venlo poskytl záminku pro invazi do Nizozemí.

Naujocks pracoval také na operaci Bernhard, výrobě falešných bankovek britských liber a dalších měn vězni v koncentračním táboře Sachsenhausen. Některé podrobnosti této akce prozrazují zvláštní povahu vedoucích představitelů Třetí říše. Nacističtí pohlaváři byli s prací vězňů tak spokojeni, že 12 vězňů včetně tří Židů vyznamenali válečnou medailí Za zásluhy. Šest strážců vězňů bylo odměněno Válečnými kříži za zásluhy 2. třídy bez mečů. Naujocks byl z SD propuštěn za neuposlechnutí rozkazu. V roce 1943 vstoupil do Waffen – SS.

Podílel se na vraždách představitelů dánského hnutí odporu. V listopadu 1944 zběhl k Američanům, na konci války uprchl z amerického internačního tábora. Zřejmě se podílel na organizování operace ODESSA, která pomohla bývalým esesákům při útěku z Evropy. Naujocks zemřel v roce 1960 v Německu. Byl nepochybně jedním z nejotrlejších velitelů vražedných komand podléhajících Heydrichovi. Při zinscenovaném útoku na rozhlasový vysílač v Glivici mu nedělalo sebemenší problémy zastřelit deset vězňů z koncentračního tábora, oblečených v polských uniformách. Patřil k těm nacistům, kterým se podařilo uniknout spravedlivému soudu.