Pilotním výcvikem prošel již v předválečné československé armádě, v roce 1935 ukončil Vojenskou akademii a by zařazen jako pilot – stíhač. Díky svým schopnostem se v roce 1938 stal velitelem stíhací letky a po rozbití Československa odešel do Polska a pak dál do Francie. Vstoupil do Cizinecké legie, ale po vyhlášení války se začal přeškolovat na francouzský stíhací letoun MS – 406. V prosinci 1939 začal létat s Groupe de Chasse I/6, u níž zůstal až do porážky Francie. To už měl na svém kontě dva jisté sestřely a šest útoků na německé tanky, při nichž byla GC I/6 téměř zničena. Po kapitulaci odplul do Velké Británie, kde létal na britské stíhačce Hawker Hurricane v řadách 310. československé stíhací perutě.

Kvůli nemoci musel koncem roku 1940 s létáním přestat a pracoval v kanceláři, ale v létě 1941 byl lékařem opět uznán schopným letecké služby a převzal velení u letky B 313. československé stíhací perutě. Dne 17. května 1942 letěl s 313. perutí jako výšková záloha pro bombardéry Boston, které měly zaútočit na doky v Boulogne. Po úspěšném náletu byl svaz napaden německými Focke – Wulfy Fw 190 z Jagdgeswader 26, proti nimž vylétl Fejfarův Spitfire z formace, následován svým číslem, sgt. Borkovcem. Fejfar asi jednal ve zkratu, protože už z Francie dobře věděl, jak je to nebezpečné.

Oba letouny zmizely za obzorem a to bylo naposled, kdy je kamarádi viděli. Piloti byli prohlášeni za nezvěstné, po několika měsících pak přišla zpráva o Fejfarově smrti. Až nedávno bylo v německých archivech zjištěno, že Fejfarův Spifire sestřelil v souboji Josef Pips Priller, německé eso, pro kterého to bylo již 72. potvrzené vítězství. Sgt. Borkovec byl sestřelen jiným pilotem z JG 26 a také zahynul. F/Lt. Stanislav Fejfar, jenž dosáhl šesti jistých a dvou pravděpodobných sestřelů, je pohřben ve Francii nedaleko Calais. V roce 1947 byl povýšen na majora a v roce 1991 na plukovníka in memoriam. Jeho jméno nese i jedna z pražských ulic.