Japonská císařská armáda a námořnictvo uzavřely již v lednu roku 1945 dohodu ( doposud byla spolupráce těchto dvou složek poznamenána rivalitou ) o způsobu obrany japonských ostrovů před invazí Spojenců. K ilustraci těchto záměrů poslouží jediná věta převzatá ze Zásad pro vedení rozhodující bitvy, vydaných ministrem války generálem Korečikou Anamim dne 8. dubna 1945: „Všichni, bez rozdílu hodností, byli zavazováni k tomu, aby projevili hluboce zakořeněnou vůli k útoku.“ Náčelník štábu armády generál Jošidžiro Umezu zdůrazňoval, že jistá cesta k vítězství vede skrze podřízení veškeré činnosti, vyvíjené na území japonských ostrovů jedinému cíli, válečnému úsilí, spojujícímu všechny materiální a duchovní rezervy národa. Vojáci i civilisté nebyli ponecháni na pochybách, že závěrečná obrana bude vedena až k sebeobětování a že všechny dostupné zbraně mohou být využity také jako sebevražedné bojové prostředky.

Císařský generální štáb správně předpokládal, že se první nápor spojenecké invaze soustředí na jih ostrova Kjúšú a oblast Tokia v jihovýchodní části Honšú. V této době již japonské císařské námořnictvo téměř nedisponovalo hladinovými útočnými plavidly, a proto mělo první obrannou linii proti invazní armádě tvořit letectvo s letadly, pro které ještě zbývali piloti a zásoby leteckého benzínu. Armádní a námořní letectvo mělo v té době ještě k dispozici asi 10 700 letuschopných strojů všech typů, polovina z nich, asi 2 700 letadel námořnictva a 2 650 letadel armádního letectva, měla dosloužit ve sborech kamikadze. Nálety kamikadze a konvenční letecké útoky, koordinované se sebevražednými výpady 45 zbývajících ponorek měly být zahájeny ve chvíli, kdy se invazní armáda přiblíží na vzdálenost 290 km od invazních pláží na Kjúšú. Intenzita útoku měla být stupňována v závislosti na postupu flotily a cíle měly být především transportní lodě s vojáky na palubě. Pokud by se flotila přiblížila až k plážím, měla být do nepřetržitého útoku nasazena všechna letadla a pokračovat v něm podle odhadů asi deset dní. S koncem leteckého sebevražedného útoku měly přijít na řadu útoky Banzai, v nichž by japonské námořnictvo nasadilo zbývající hladinová plavidla ( v srpnu 1945 mělo k dispozici pouhé 2 křižníky a 23 torpédoborců ) a také miniponorky, živá torpéda a výbušné motorové čluny.

( Piloti kamikadze měli tvořit při obraně japonských ostrovů první obrannou linii )

Ambiciózní výrobní programy malých speciálních útočných plavidel však byly vážně ohroženy nedostatkem materiálu i pracovní síly, způsobeným blokádou a strategickým bombardováním. Z těchto důvodů bylo v srpnu 1945 na japonských ostrovech k dispozici jen 100 pětimístných miniponorek Korjú, 300 dvoumístných miniponorek Kairjú, asi 120 živých torpéd Kajten se základnou na pobřeží a asi 4 000 motorových útočných člunů Šinjó a Maru – ni. S výjimkou Korjú s větším akčním rádiusem se jednalo o malá sebevražedná plavidla, rozmístěná v pečlivě zamaskovaných úkrytech v jižní a východní části Kjúšú a na jihu Šikoku. Hlavní místa soustředění byla: Kjúšú – Kagošima ( 20 Kairjú, 500 Šinjó ), Aburacu ( 20 Kairjú, 34 Kajtenů, 125 Šinjó ), Hosošima ( 20 Kairjú, 12 Kajtenů, 325 Šinjó ) a Saeki ( 20 Kairjú ), na Šikoku – Sukumo ( 12 Kairjú, 14 Kajtenů, 50 Šinjó ) a Sunosaki ( 12 Kairjú, 24 Kajtenů, 175 Šinjó ). Podobně byly rozptýleny i motorové útočné čluny japonské armády. Oblast Tokia na Honšú mělo bránit 180 Kairjú, 36 Kajtenů a 775 člunů Šinjó rozmístěných v okolí Sagami Wan. Další čluny Šinjó a Maru – ni ( dokonce snad 1 000 exemplářů od každého typu ) zůstávalo na původních základnách v Koreji, na Formose, na ostrově Hainan, na severním Borneu, v Hongkongu a v Singapuru.

Japonci doufali, že se jim podaří zneškodnit až 50 % spojeneckých sil, ještě než dojde k vylodění. Ti, kteří se vylodí, budou ještě ve vlnách napadeni zuřivou obranou. Císařský generální štáb byl přesvědčen o možnosti dosáhnout změny spojeneckých požadavků na bezpodmínečnou kapitulaci Japonska, pokud bude již první pokus o vylodění první vlny utopen v krvi. Proto musí být všechny japonské rezervy nasazeny v této chvíli rozhodujícího střetnutí, i když pro další obranu zůstane jen velmi málo rezerv nebo téměř nic. Polní maršál Hadžimě Sudžijama, vrchní velitel závěrečné obrany při velitelství 1. všeobecné armády v Tokiu v polovině července vyhlásil, že klíčem ke konečnému vítězství je zničení nepřítele přímo na prahu pevniny ještě v průběhu vyloďování. V létě roku 1945 mělo Japonsko ve zbrani 6 000 000 mužů, z nichž byly asi dvě třetiny dislokovány na ostrovech, v Koreji nebo v rámci Kwantungské armády v Číně, kde se dala očekávat sovětská ofenzíva. Síly pravidelné japonské armády na japonských ostrovech byly odhadovány na 2 350 000 a další 3 000 000 mužů bylo soustředěno v pomocných jednotkách námořnictva a armády ( pracovní prapory apod. ). Polní maršál Šunroku Hata, velitel 2. všeobecné armády s velitelstvím v Hirošimě byl zodpovědný za obranu oblasti Kecu – Go č. 6  zahrnující Kjúšú, Šikoku a západní Honšú, v této oblasti byly důležité úseky jižní části Honšú obsazeny čtrnácti pěchotními divizemi a dvěma obrněnými brigádami ( s obrněnými vozidly téměř bez pohonných hmot ). Těmto útvarům velel generálporučík Isamu Jokohama, velitel 16. oblastní armády. Do činné služby byl zařazen každý muž, schopný nést zbraň, avšak vznikalo i mnoho nových útvarů, složených ze špatně vycvičených, boje neschopných branců bez odpovídající výzbroje, někdy vybavených jen výstrojí a uniformou. Přesuny vojsk ztěžoval kritický nedostatek pohonných hmot, vozidel, techniků potřebných k jejich údržbě a dokonce i nedostatek tažných zvířat. Komunikace byly silně narušeny těžkými nálety letounů B – 29 a nedostatek stavebního materiálu způsobil, že většina obranných staveb na pobřeží nebyla nikdy dokončena.

( Japonské miniponorky Korjú v loděnici v Kure )

Už začátkem roku 1944 císařský generální štáb zahájil práce na výstavbě velkého podzemního komplexu, situovaného v hornaté oblasti Macuširo ve střední části Honšú zároveň se stavbou podobného úkrytu pro císaře Hirohita v blízkém Naganu. Zatímco nejvýše postavení hodlali přežít v tomto japonském ekvivalentu Hitlerovy mytické Alpské pevnosti, obyčejní civilisté byli odkázáni ke stejnému osudu jako němečtí záškodníci – Werwolfové. V listopadu 1944 byli všichni japonští muži ve věku od 14 do 61 let a neprovdané ženy ve věku od 17 do 41 let vyzváni pod trestem vězení k registraci pro potřeby národní obrany. Z tohoto registru byla v červnu 1945 vyčleněna takzvaná Kokumim Giju Sento – Taj ( Národní dobrovolnické bojové síly ) podle oficiálních údajů o síle  28 000 000 lidí. Odborníci z tokijské armádní zpravodajské školy byli rozesláni po Japonsku, zejména na Kjúšú, aby tyto brance naučili základům obranného boje a ozbrojeného odporu partyzánského typu, tedy vědomostem, pohotově shrnutým v Lidové příručce ozbrojeného odporu.

Tito civilisté – branci byli odkázáni na přídělové dávky o hodnotě 1 300 kalorií denně – rýže byla obvykle míchána s pilinami anebo nahrazována otrubami. Branci bez žoldu i bez uniformy byli vybaveni páskou na rukávu, označující jejich příslušnost k jednotkám. Cvičili se zastaralými puškami ( jedna připadala na deset mužů ), meči, s bambusovými oštěpy, sekyrami, srpy a s dalším zemědělským načiním a dokonce s velkými luky, podle příručky účinnými na vzdálenost až 45 m. Probíhal sběr prázdných lahví pro výrobu Molotovových koktejlů a jedovatých granátů plněných kyselinou kyanovodíkovou. Místní řemeslníci vyráběli miny, nálože a dřevěné, černým prachem plněné minomety na jedno použití, malé zbrojařské firmy se zaměstnanci zesláblými podvýživou vyráběly jednoranné muškety s hladkou hlavní a jednoduché pistole, vystřelující ocelové kuličky. Ti, kteří neměli zbraně, nacvičovali tradiční bojová umění judo a karate. Ženy byly vyzývány s doporučením císařovny Nagako, aby nosily volné kalhoty, oblékané pouze zemědělci k práci na polích a byly instruovány o účinnosti kopů do varlat. Tak byla v duchu speciálních útočných jednotek celá japonská populace připravována k boji na život a na smrt. Všude vyselo ústřední heslo: „Sto milionů zemře za císaře a národ!“

( Fotografie ukazuje výcvik japonské domobrany počátkem roku 1945 )

Většina japonských letounů sice zůstávala v záloze k použití proti invazní flotile, přesto však bylo proti lodnímu provozu v oblasti Rjúkjú vypraveno několik misí. Většinu z nich provedly jednotky Širagiku, nazvané podle zastaralých cvičných letadel, které používaly. Jednalo se zejména o přizpůsobenou verzi letounu námořnictva Kjúšú K11W1/2 Širagiku. Stejně byly využívány i cvičné letouny armádního letectva typu Kokusaj Ki – 86 Cypress a Tačikawa Ki – 9 Spruce a Ki – 17 Cedar. Ve všech případech se jednalo o dvojplošníky. Poslední spojenecká loď, potopená Kamikadzem, padla za oběť jednomu z těchto křehkých veteránů. Podle zpráv amerického námořnictva se jednalo o plovákový dvojplošník postavený ze dřeva a plátna, takže byl imunní vůči projektilům s přibližovacím zapalovačem. Dne 29. července 1945 v 00:41 zaútočil na torpédoborec USS Callagham u Okinawy sebevražedný letoun Jokosuka K5Y2 Willow. Křehký letounek dopadl na schránku pohotovostní munice a rozpoutal řetězec výbuchů a požárů, které nakonec velký torpédoborec potopily, zranily 73 mužů a 47 připravily o život, to vše v průběhu 90 minut. V průběhu podobného útoku byl příští noci vážně poškozen torpédoborec USS Cassin Young. Za poslední spojenecké plavidlo, napadené Kamikadzem, bývá považován torpédoborec USS Borie, poškozený dopadem jednoho letounu typu Aiči D3A Val v době služby ve skupině radarové hlídky TF 38. K události došlo poblíž Honšú 9. srpna 1945.